Lễ bốc thăm vòng bảng được tổ chức vào ngày 31 tháng 8 năm 2018, lúc 13:00 CEST, tại Trung tâm diễn đàn Grimaldi ở Monaco.[3]

48 đội được phân thành 12 bảng bốn đội, với quy tắc là các đội từ cùng một hiệp hội sẽ không cùng bảng với nhau. Đối với lễ bốc thăm, các đội được chia thành bốn nhóm hạt giống dựa trên hệ số câu lạc bộ UEFA năm 2018 của họ.[4]

Vào ngày 17 tháng 7 năm 2014, UEFA quyết định rằng các câu lạc bộ Ukraina và Nga sẽ không được thi đấu với nhau "cho đến khi có thông báo mới nhất" do tình trạng chính trị bất ổn giữa 2 quốc gia.[5]

Thêm vào đó, lễ bốc thăm được kiểm soát sao cho các đội từ cùng một hiệp hội được chia đều thành hai nhóm sáu bảng đấu (A–F, G–L) nhằm mục đích tối đa hóa việc phát sóng truyền hình. Tại mỗi lượt trận, một nhóm sáu bảng đấu thi đấu vào lúc 18:55 CEST/CET, trong khi nhóm sáu bảng còn lại thi đấu vào lúc 21:00 CEST/CET. Thứ tự thi đấu của 2 nhóm thay đổi giữa mỗi lượt trận.

Các cặp đấu được xác định sau lễ bốc thăm, sử dụng máy vi tính để bốc thăm không công khai, với trình tự các trận đấu như sau (Quy định Điều 15.02):[2]

Lưu ý: Các vị trí để sắp xếp lịch thi đấu không sử dụng các nhóm hạt giống. Ví dụ: Đội 1 không nhất thiết phải là đội từ nhóm 1 trong lễ bốc thăm.

Có một số quy định hạn chế về lịch thi đấu: ví dụ, các đội từ cùng một thành phố (như là Arsenal và Chelsea) không chơi trên sân nhà trong cùng một lượt trận (để tránh các đội từ cùng một thành phố chơi trên sân nhà trong cùng một ngày, vì lý do hậu cần và kiểm soát cổ động viên), và các đội thuộc các "quốc gia giá lạnh" (ví dụ như Nga) không đá trận sân nhà vào lượt trận cuối vòng bảng (do thời tiết giá lạnh).